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Lamune nos cuenta la historia de Tomosaka Kenji quien se muda a una ciudad costera cuando aun era muy niño. Al andar conociendo su nueva ciudad, vio que el oleaje del mar, que se iluminaba con el sol de verano parecia como si fuese un enorme mar de limonda (lamune en Japones). En ese momento conoce a una niña muy simpatica, de quien se hace amigo (Kokonoe Nanami). Pero no es hasta el otro dia que descubre que su vecina es su nueva amiga, quien no solo vive al lado si no que las ventanas de sus cuartos estan tan juntos que pueden alcanzar sus brazos. Asi va pasando el tiempo haciendose mas y mas grande su amistad hasta que en el verano del segundo año de secundaria esta relacion empieza a cambiar.