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DESCRIPCION: Cinco años antes de los sucesos acaecidos en Boogiepop Phantom, Nagi Kirima conoció y entabló amistad con Shinpei Kuroda, un agente encubierto de la organización Towa, en el hospital local. Nagi había sido hospitalizada porque estaba muriendo debido a que su cuerpo había comenzado a evolucionar. Shinpei, luego de descubrir la verdad sobre la enfermedad de Nagi, traicionó a la organización Towa y le inyectó a Nagi una droga robada a dicha organización para salvar su vida. Fue entonces mortalmente herido por agentes de Towa mientras escapaba del hospital, donde había dejado olvidada la droga en la huida. Touka Miyashita se cruzó en el camino con Shinpei (como el Agente Espantapájaros de Towa) y el trauma psicológico que le causó el ver morir a un hombre fue el responsable de la creación de su otra identidad, Boogiepop.
La novela ligera Boogiepop al amanecer cuenta cómo la Dra. Kisugi fue testigo de la rápida mejoría de Nagi y, tras experimentar con ratas, descubrió que la droga proporciona habilidades sobrenaturales, antes de incorporarla a su propio organismo. La droga convirtió a la doctora en un humano compuesto, incrementando así los atributos físicos y mentales compartidos por todos los humanos compuestos y permitiéndole percibir la presencia de las hormonas que producen el miedo, hasta el punto de desarrollar una obsesión por ellas. Al principio, aterrorizó a sus pacientes y tomó muestras de su sangre, y luego asesinó un buen número de chicas jóvenes con gran espíritu de lucha para consumir el miedo que producían en el momento de morir.2 En Boogiepop Phantom somos testigos de cómo la Dra. Kisugi administraba esta droga a sus pacientes con la falsa promesa de que los curaría, y de cómo la droga, por el contrario, empeoraba sus problemas y los hacía evolucionar. Kirima investigó los asesinatos y descubrió que la Dra. Kisugi era la asesina en serie. Nagi y la Dra. Kisugi se conocieron en el hospital. Al principio, la Bruja de Fuego fue sobrepasada por el poder de la doctora, pero finalmente logró matarla con la ayuda de Boogiepop.
La novela Boogiepop y otros trata sobre Manticora, un clon imperfecto de una entidad extraterrestre llamada Ecos, creada por la Organización Towa, cinco años más tarde. Tras escapar del laboratorio, Manticora mató a Minako Yurihara con la intención de tomar posesión de su forma física, cuando fue descubierta en el acto por Masami Saotome. En lugar de matar a Masami, Manticora hizo un pacto con él. Manticora, bajo la apariencia de Minako, y Masami, experimentaron con la producción de Type S, una droga altamente adictiva capaz de someter a todos los que la consumen a su voluntad, mientras asesinaban estudiantes para alimentar a Manticora.3 Mientras tanto, Ecos escapó de los laboratorios de Towa y decidió perseguir a Manticora. El extraterrestre se encontró con Nagi Kirima, quien se hallaba investigando las recientes desapariciones de los estudiantes.
Sabiendo que estaban siendo perseguidos, Masami y Manticora planeron una trampa para Ecos y Nagi. Todo culminó una noche en la Academia Shinyo, cuando Masami envenenó a Ecos y mató a Nagi, quien no esperaba que Manticora tuviese un aliado humano. Manticora persiguió a Ecos, que intentaba escapar con el cuerpo de Nagi y lo golpeó hasta dejarlo moribundo. Manticora y Masami fueron atacados por Boogiepop, quien retuvo a Manticora mientras Ecos se transformaba en luz. La luz cruzó el cielo y destruyó a Manticora y Masami se suicidó lanzándose al pilar, mientras que Nagi fue revivida por Ecos antes de que este dejara el planeta.
Boogiepop Phantom se desarrolla un mes después y su historia se centra en las consecuencias inesperadas del pilar de luz. La luz de Ecos permitió que los recuerdos de esa noche se perpetuaran como hologramas dando lugar a una realidad mixta en la que el presente y el pasado coexisten4 y forzando, a su vez, la evolución de los habitantes de la ciudad.
La historia trata de estas personas que han evolucionado, de cómo sus vidas se han visto afectadas por la evolución y su desaparición tras encontrarse con Boogiepop Phantom. Este explica que los esconde bajo la ciudad para salvarlos5 y que aunque sus cuerpos ya no funcionen, sus nervios se extienden a través de la ciudad para seguir soñando hasta el día en que el resto de la humanidad los alcance.