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Un mes después de enfrentar a Duo, ya con el Link PET en mano, el trío Net saver: Lan, Chaud y Raika lleva a cabo un entrenamiento para medir sus habilidades. Mientras esto sucede, ataques devastan la ciudad. Dos cyber bestias, llamadas Falzer y Gregar luchan derribando todo a su paso. Beast marca la llegada de un pequeño Net Navi llamado Trill, quién inmediatamente establece una relación amistosa con MegaMan. El problema para este, es que Trill puede transformarlo en el modo bestia, una extraña habilidad que le permite ser tan fuerte como las cyber bestias legendarias, pero que le lleva a perder el control de sí mismo.Falzer y Gregar abandonan el mundo humano, pero a cambio, liberan a su equipo de súbditos llamados Zoanoroids, procedientes del paralelo mundo Beyondard, para capturar a Trill. Pero una extraña niña de nombre Iris (encontrada por Chaud en una base militar de Netopia) intentará defender a Trill de cualquier forma.